1945年日本正式投降，盟军总司令部和远东军事法庭日以继夜的大规模搜查和甄别日本战犯，东京大审判成为战后最为重要的事件之一。为安全引渡战犯来华受审，军委会高参董玉清被任命为负责该项特大任务的总督察，而与他宿有嫌隙的国防部军法司司长钟杞达，则被任命为总指挥。
负责安全转运战犯资料的马昀飞，在运送途中却突遭恐怖分子袭击，押送队员全部阵亡。万分危急之下，马昀飞凭着矫健的身手和过人的胆识，从战火中及时抢救出存有战犯资料的保险箱。但当董玉清打开保存完好的保险箱时，却并未发现那本关键的日记本。董玉清授命马昀飞暗中秘密调查日记本的下落。
马昀飞无疑是此次负责押运战犯的特勤小组组长的最佳人选。然而，国防部军法司二处处长白迪夫向钟杞达秘密报告：关于剿共计划的629绝密文件失窃，而马昀飞恰是嫌疑人之一。钟杞达坚决反对马昀飞担任特勤小组组长，而一向把马昀飞当作心腹的董玉清言辞厉色表明立场——组长非马昀飞莫属。
日本东京远东军事法庭，日本战犯原K师师长石岩夫正在为他犯下的累累罪行接受正义的审判。为查清日记本的藏匿地点，马昀飞只身飞往东京，伺机潜入东京帝国档案馆的档案密室。突然，一黑衣人也偷偷溜进密室，盗取了巢鸦监狱结构图。两人密室发生争斗，无意中按响了警铃。
战后之战第2集剧情介绍马昀飞利用黑衣人转移警卫的目标，成功逃离档案馆，在街上与密室黑衣人相遇，并在偶然间偷听到原日军K师旧部准备劫狱营救石岩夫的行动计划。马昀飞向盟军司令部卡本德上校提出进入巢鸦监狱，亲自看守石岩夫的请求。卡本德却认为马昀飞此举是对盟军的极端藐视，两人发生激烈的争吵。
战后之战剧照
巢鸦监狱内，原K师旧部河野满乔装混入，偷偷将劫狱安排传递给石岩夫。老奸巨猾的石岩夫为掩人耳目，故布疑阵，让美军军官误以为自己今晚会从后门越狱。这一切，都被顺利进入巢鸦监狱的马昀飞看在眼里。美军突然将战犯千木劲雄同石岩夫关在一起，今晚的越狱计划眼看就要东窗事发。
诡计多端的石岩夫开始利用挑逗性的语言煽动千木和其他战犯的反抗情绪，一场越狱大骚动如洪水般溃堤而出。但是，真正的越狱计划却在地下秘密进行。趁着骚乱，马昀飞谎称黑木企图骗取石岩夫的信任，得到笔记本下落的确凿信息，但却不慎被他识破身份，打伤在地巢鸦监狱一片混乱，地下逃生隧道马上就要挖通，石岩夫精心策划的越狱计划成功在望，然而千钧一发之际，受伤的马昀飞再次出现。特使从盟军处获悉，甲级战犯被拒绝引渡，作为乙级战犯的石岩夫成为此次引渡行动的唯一战犯。
战后之战第3集剧情介绍消息传来，国民党内部高层气愤不已，钟杞达更感觉自己徒劳一场，而董玉清却显得异常冷静。日本羽田机场，马昀飞为买不到回国机票而焦躁不安，忽然，看到了卡本德，遂灵机一动，意欲搭个便机。不料，卡本德气量狭小，仍为之前两人的不悦而耿耿于怀，断然拒绝了他的请求。
机场内，石岩夫的妻子、女儿前来送行，却意外遇到河野满、铃木杏等一帮旧部，几人眼神相交却佯装不认识，这样的异常举动引起了马昀飞的怀疑。铃木杏在男厕暗杀了一名美国军官，河野满等人换上工作服混入机场，又一次营救石岩夫的计划在机场悄然展开。
马昀飞发现了军官的尸体，一向自命不凡的卡本德意识到情况危机，一下子不知所措。沉着冷静的马昀飞决定将计就计，自己假扮石岩夫，与河野满一伙再次交锋。石岩夫被马昀飞掉包到飞往大连的运输机上。
